La Bandera de Antioquia tiene sus orígenes en la época del grito de Independencia de Colombia, hacia 1811.Al parecer fue establecida por la Junta de Gobierno de Santa Fe de Antioquia en base a los colores de la Universidad de Antioquia (fundada en 1803), que casi desde sus comienzos tenía entre sus emblemas una bandera blanca y verde que era izada en todos sus actos oficiales. Son también los colores usados por la Provincia de Cartagena cuando se declaró independiente de España en 1811.
Más tarde el Estado Libre de Antioquia adoptó los colores y emblemas de las Provincias Unidas de Nueva Granada, sin embargo no hay nada en los documentos oficiales de la época que corroboren esta versión.
Entre 1856 y 1863, época de transición entre el centralismo y el federalismo colombiano, Antioquia cambió de emblemas. Ésta vez el escudo era el de la república pero con el nombre del Estado Soberano dentro de él, y la bandera era la misma que la nacional solo que con el escudo en su interior. La misma norma se aplicó a los demás Estados Soberanos. Sin embargo debido a que el país cambió de nombre tres veces, los emblemas tuvieron que ser readoptados igual número de veces.